Клонирование и анализ генов легких цепей иммуноглобулинов стерляди
Rabbit kV IV ivm----ss---pv----ti--qasqs-ys-nr-a-f-----qp------*k----a--v-s--k---**---q------d--ca-aat---rva
57%
GciIgLVIII
-M--S-PVL--GL-Q--TIT-TASQS-YS-**-A----RE-QK-S----*A-TNRYTEVSE------**---S-----RN--P--VA----QGT
48%
HulV2
-SAL--*-ASV-GS--QSITIS-TGT-SSYNL**VS----H--K----M--*EG-KRP--VSN-----K**--NTAS--T--L-----A----C-Y
47%
HfrIgLVII
GTVL--*--SM-TSQ-K--KIT-TISGGGTYY**SS--W----S--VFVWRDYD--RG----D--T--RNT-SNVMH---TD--SR-TA-----AW
41%
XlaIgLIII -VSI--*-VSE--KL-E--RIS-TLSG-SGYH**VN-----A-NR-RY-LRFYSDSNK**HQD-----KDSPNNIGY---K-ALL--DA----ATW
35%
HfrIgLV1
VPVLN---ISDP-SA-E-SE-K-AMQNGGSYY**MS--R-R-----VFVL**YQ--SG-IYRD--KP-RDT-SNSHI---GSLEPG-SAV---AAN
31%
Á
AruIgLCB
GSPTAPSSVSLLPPSKLELDSKGKATLVCLVNNFYPDVVDIKWTVDGVAQSSG*VLTSTMKQK**DGKYSASSSLTLTKAVWNSKETYTCTVKHEAVSTPRSESIKRSECTLLDA
CplIgLCII
-RS*PT--V----SDQITA-NM-------SG-V-GAAE-E-----SVRGN-*-E--RIQ-EA*-NTF-V--Y---SASD---H-L-S-V-K-ETQAN-LQT--S--S-M
44%
HfrIgLCIII
EKSQPTLT-M---PE-VKA--T------ADH----E-GVE-KK--A-I-A-*-Q--NYLRAS*-ST--C--L---SGSD-E-NARFS-ALT-ETL-S-L-K-VS----V
42%
IpuIgLCF
G--VKP-----L--S-Q-S*E-S-S-L--LPAYS-QGALVS-----SEVKD-*----AEER-**TDG-TR--T---S--L-EKG-EFV-K-S-DN-DH-VT**FRK-Q-EV
41%
Hu kappa
TV-AP-VFIF---*D-QLKS-T-SV---L-----REAKVQ-K--NAL--GN*SQE-VTE-DSK-ST--L--T---S--DYEKHKV-A-E-T-QGL-S-VTK-FN-G--
39%
XlaIgLC3
GDVK--*---YF---*V-EIATK---V--SLSD-T-RGATVK-L---KD-TDS*-QS-GLSKQS*-NL-ME--Y-S--ADQ-LRH---S-K-S-Q**GKEIIQTL-----V
38%
Hu lambda1 Q-K-NPT-T-F---*S-ELQAN-------ISD---GA-TVA-KA--SPVKA-*-E-TKPSKQS*NN--A---Y-S--PEQ-K-HRS-S-Q-T-E**GSTVEKTVAPT--S
37%
HfrIgLCI
SEDRKP-VL-----*S-EIDS-W---S---SR-K-GF-RVL-R--DKETD--*-T-G-VSTDS*-QS--L--YLRVPATA--KGSS---S-D-GSL-S-LLKT-SSTA-SD
37%
XlaIgLCS
ND-KPA-FIFK--*D-QVKE-NP-A---I---F-RDLTVT-K--SQDV--SD-K--DFM-ES*-ST--Q--M-T---DK-DKADKFE-L-K-K**TAQLTQSFSK-Q-S
34%
IpuIgLCG
LTQP--TV----SV--Q*QE-V-----AYKGF-SDWRLS-K---SSW---*ESR-SAVLQA*--L--W--T-S-HPEQ-RN-*VV--EASKDN*QP-VVSTVNTEQ-
33%
Ðèñ.
12. Ñðàâíåíèå
àìèíîêèñëîòíûõ
ïîñëåäîâàòåëüíîñòåé
V (À) è Ñ (Á)
îáëàñòåé
L-öåïè ÈÃ
ñòåðëÿäè ñ
ïîñëåäîâàòåëüíîñòÿìè
äðóãèõ âèäîâ
ïîçâîíî÷íûõ.
Äåôèñ
îáîçíà÷àåò
èäåíòè÷íîñòü
â äàííîé
ïîçèöèè.
Çâåçäî÷êà
îáîçíà÷àåò
äåëåöèþ
àìèíîêèñëîòíûõ
îñòàòêîâ.
Ñëåâà
óêàçàíû
ïðîöåíòû
ñõîäñòâà.
Âèäîâûå
îáîçíà÷åíèÿ:
Aru - ñòåðëÿäü, Ipu -
ïåùåðíûé
ñîìèê, Omy -
ðàäóæíàÿ
ôîðåëü, Xla -
øïîðöåâàÿ
ëàãóøêà, Gci - àêóëà-íÿíüêà,
Hu - ÷åëîâåê, Cpl -
ïåñ÷àíàÿ
àêóëà, Hfr - ðàçíîçóáàÿ
àêóëà.
Ðèñ.
13. Ñàóçåðí
áëîò ãèáðèäèçàöèÿ.
Ãåíîìíàÿ
ÄÍÊ áûëà
âûäåëåíà èç ïå÷åíè
è
îáðàáîòàíà
ýíäîíóêëåàçàìè
ðåñòðèêöèè Pst
I Pvu II.
Ãèáðèäèçàöèþ
ïðîâîäèëè â
ìÿãêèõ
óñëîâèÿõ ñ
èñïîëüçîâàíèåì
çîíäîâ,
ãîìîëîãè÷íûõ
VL (à) è CL (á)
ãåííûì
ñåãìåíòàì
L-öåïåé ÈÃ
ñòåðëÿäè. Ñ V-çîíäîì
ãèáðèäèçîâàëîñü
áîëåå 20
ôðàãìåíòîâ
ÄÍÊ, â òî
âðåìÿ êàê ñ
Ñ-çîíäîì
ãèáðèäèçîâàëîñü
òîëüêî 3-4
ôðàãìåíòà.
ÎÁÑÓÆÄÅÍÈÅ
ÐÅÇÓËÜÒÀÒÎÂ
Â
ðåçóëüòàòå
ïðîâåäåííîé
ðàáîòû
èäåíòèôèöèðîâàí
ëîêóñ ãåíîâ,
êîäèðóþùèõ
L-öåïè ÈÃ ñòåðëÿäè,
ïðåäñòàâèòåëÿ
ïîäêëàññà
êîñòíî-õðÿùåâûõ
ðûá.
Ñðàâíèòåëüíûé
àíàëèç
ñòðóêòóðû V
ãåíîâ ýòîãî
ëîêóñà
óêàçûâàåò,
÷òî îí
îòíîñèòñÿ ê
êàïïà òèïó.
Ðåçóëüòàòû
ñðàâíèòåëüíîãî
àíàëèçà Ñ
îáëàñòåé
ìåíåå
èíôîðìàòèâíû,
÷òî ñàìî ïî
ñåáå íå
óäèâèòåëüíî,
òàê êàê
Ñ-ãåíû L-öåïåé
ÈÃ
çíà÷èòåëüíî
ìåíåå êîíñåðâàòèâíû
÷åì V-ãåíû.
Òåì íå ìåíåå,
òîò ôàêò, ÷òî
íà
íóêëåîòèäíîì
óðîâíå Ñ-ãåí
ñòåðëÿäè
èìååò
íàèáîëüøåå
ñõîäñòâî ñ
êàïïà-ïîäîáíûìè
ãåíàìè III
êëàññà
õðÿùåâûõ ðûá,
òàêæå
ñâèäåòåëüñòâóåò
î òîì, ÷òî
îáíàðóæåííûé
ëîêóñ
îòíîñèòñÿ ê
êàïïà òèïó.
êÄÍÊ
êëîíîâ Â1, Ñ2, Å4,
à òàêæå
ôðàãìåíò,
ïîëó÷åííûé
ñ ïîìîùüþ ÏÖÐ,
ñîäåðæàò
áëèçêîðîäñòâåííûå
V-ãåíû.
Ðàçëè÷èÿ ìåæäó
íèìè
ñêîíöåíòðèðîâàíû
â îñíîâíîì â
îáëàñòè 3-ãî
ãèïåðâàðèàáåëüíîãî
ðàéîíà. Ïîñëåäîâàòåëüíîñòè
äâóõ
îáíàðóæåííûõ
J-ñåãìåíòîâ
îòëè÷àþòñÿ
ïî 10
íóêëåîòèäàì,
ò.å., îíè
ïðåäñòàâëÿþò
ñîáîé
ðàçëè÷íûå
ãåíîìíûå
ñåãìåíòû.
Íåçíà÷èòåëüíûå
ðàçëè÷èÿ îáíàðóæåíû
òàêæå ìåæäó
òðåìÿ
ïîñëåäîâàòåëüíîñòÿìè
Ñ-ãåíîâ.
Ñ-ñåãìåíò
êëîíà Â1 îòëè÷àåòñÿ
îò ïîëíîãî
Ñ-ñåãìåíòà
êëîíà Ñ2 ïî 9
ïîçèöèÿì, èç
êîòîðûõ 5
âåäóò ê
çàìåíå àìèíîêèñëîòû.
Ïî-âèäèìîìó,
ýòè
ïîñëåäîâàòåëüñòè
òàêæå
ïðåäñòàâëÿþò
ñîáîé
ðàçíûå
çàðîäûøåâûå
ãåíû.
Àíàëèç
ñòðóêòóðíîé
îðãàíèçàöèè
ëîêóñà ñ
ïîìîùüþ
Ñàóçåðí
áëîò-ãèáðèäèçàöèè
óêàçûâàåò,
÷òî ó
ñòåðëÿäè
èìåþòñÿ
ìíîæåñòâåííûå
VL ãåíû.
Òî÷íàÿ
îöåíêà èõ
êîëè÷åñòâà
íåâîçìîæíà,
íî íàëè÷èå
áîëåå 20 ïîëîñ
ãèáðèäèçàöèè
ñ ðàçíîé
èíòåíñèâíîñòüþ
ñèãíàëà, ïî àíàëîãèè
ñ
ìíîãî÷èñëåííûìè
ëèòåðàòóðíûìè
äàííûìè,
ïîçâîëÿåò
ãîâîðèòü î
íåñêîëüêèõ
äåñÿòêàõ
êîïèé.
Ïðè
èñïîëüçîâàíèè
Ñ-çîíäà
êîëè÷åñòâî
ïîëîñ â
ìÿãêèõ
óñëîâèÿõ
ãèáðèäèçàöèè
íå ïðåâûøàåò
4-õ. Ó÷èòûâàÿ
âîçìîæíîñòü
àëëåëèçìà
ìîæíî ãîâîðèòü
î íàëè÷èè â
ýòîì ëîêóñå
2-4õ ãåíîâ.
ßðêî
âûðàæåííîå
êîëè÷åñòâåííîå
ïðåâîñõîäñòâî
V ãåíîâ íàä
Ñ-ãåíàìè
ÿâëÿåòñÿ
õàðàêòåðíûì
ïðèçíàêîì
ñåãìåíòàðíîé
ôîðìû îðãàíèçàöèè
ëîêóñà. Ó
õðÿùåâûõ è
êîñòèñòûõ
ðûá ñ
êëàñòåðíîé
îðãàíèçàöèåé
ãåíîâ L-öåïåé
êîëè÷åñòâî V
è Ñ ãåíîâ
î÷åíü âåëèêî
è
ïðèáëèçèòåëüíî
îäèíàêîâî,
÷òî îòðàæàåòñÿ
â ñõîäíîé
êàðòèíå
áëîò-ãèáðèäèçàöèè.
Ïîëó÷åííûå
íàìè
ðåçóëüòàòû
ÿâëÿþòñÿ ñåðüåçíûì
îñíîâàíèåì
äëÿ òîãî,
÷òîáû óòâåðæäàòü,
÷òî ó
ñòåðëÿäè
îðãàíèçàöèÿ
ãåíîâ L-öåïåé
êàïïà-ïîäîáíîãî
òèïà èìååò ñåãìåíòàðíûé
õàðàêòåð,
ïîäîáíûé
îðãàíèçàöèè
êàïïà
ëîêóñà
ìëåêîïèòàþùèõ.
Страницы: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17
|